কর্পোরেশন ১৯৬৪ সালে প্রতিষ্ঠিত হয়। প্রতিষ্ঠানটি ‘বাংলাদেশ মৎস্য উন্নয়ন কর্পোরেশন আইন, ১৯৭৩ (১৯৭৩ সালের ২২ নং আইন)’ দ্বারা ‘বাংলাদেশ মৎস্য উন্নয়ন কর্পোরেশন’ নামে পরিচালিত হয়ে আসছে। বাংলাদেশ মৎস্য উন্নয়ন কর্পোরেশন মৎস্য সেক্টরের সেবাধর্মী ও অ-আর্থিক সরকারি প্রতিষ্ঠান। প্রতিষ্ঠা হতেই কর্পোরেশন বাংলাদেশে মৎস্য ও মৎস্য  শিল্পের উন্নয়ন, আধুনিক ট্রলারের মাধ্যমে গভীর সমুদ্র হতে মৎস্য আহরণ, স্বাস্থ্যসম্মত উপায়ে আহরিত মৎস্যের অবতরণ, সংরক্ষণ, প্রক্রিয়াকরণ ও বাজারজাতকরণসহ মৎস্য রপ্তানিকারকদের প্রয়োজনীয় সহযোগিতা প্রদান করে আসছে। কর্পোরেশনের ২০টি ইউনিট দেশের মৎস্য সম্পদ ও মৎস্য শিল্পের উন্নয়নে কাজ করছে। কর্পোরেশন FAO এর সহযোগিতায় ১৯৬৬-৭২ সালে বঙ্গোপসাগরে সাউথ প্যাচেজ, এলিফ্যান্ট পয়েন্ট, ইষ্ট অব সোয়াচ অব নো গ্রাউন্ড ও সোয়াচ অব নো গ্রাউন্ড নামক ৪টি বাণিজ্যিক মৎস্য আহরণ ক্ষেত্র আবিস্কার করে। ১৯৭২ সালে তৎকালীন সোভিয়েত রাশিয়া কর্তৃক ১০টি সামুদ্রিক ফিশিং ট্রলার উপহার প্রদান করে যার মাধ্যমে বাংলাদেশ মৎস্য উন্নয়ন কর্পোরেশন বঙ্গোপসাগরে প্রথম বারের মত বাণিজ্যিক ভিত্তিতে মৎস্য আহরণ শুরু করে এবং সামুদ্রিক মৎস্যকে দেশের জনসাধারণের কাছে পরিচিত করে তোলে। একইসময়ে ছোট ছোট কাঠের পাল তোলা দেশীয় নৌকা যান্ত্রিকীকরণের মাধ্যমে কর্পোরেশন উপকূলীয় ও সামুদ্রিক মৎস্য শিকারের গোড়াপত্তন করে এবং দেশে প্রথমবারের মত কার্পাস সূতার জালের পরিবর্তে নাইলন সূতার জালের প্রচলন এবং ৩টি জাল কারখানা স্থাপন করে।

ট্রলারের মাধ্যমে সমুদ্র হতে মৎস্য আহরণ, আহরিত মাছ অবতরণ, বাজারজাতকরণ, প্রক্রিয়াকরণ এবং সামুদ্রিক মৎস্য ট্রলার নির্মাণের নিমিত্ত ১৯৭৩ সালে জাপান সরকারের কারিগরি সহায়তায় চট্টগ্রাম মৎস্য বন্দর একটি পূর্ণাঙ্গ মৎস্য বন্দর হিসেবে প্রতিষ্ঠা।

কর্পোরেশন চট্টগ্রাম মৎস্য বন্দরের মাল্টিচ্যানেল স্লিপওয়ে ডকইয়ার্ডের মাধ্যমে সামুদ্রিক ফিশিং ট্রলারসমূহের মেরামত সেবা প্রদান করছে। কর্পোরেশন চট্টগ্রামের কর্ণফুলী নদীতে স্থাপিত টি-হেড জেটির মাধ্যমে সমুদ্র্রগামী মৎস্য ট্রলারের বার্থিং সুবিধা প্রদান করছে।

কর্পোরেশন ১৯৬৪ সাল হতে ৬৮,৮০০ হেক্টর জলায়তনের কাপ্তাই হ্রদে মিঠা পানির মাছ উৎপাদন, আহরণ, সংরক্ষণ ও বাজারজাতকরণ সংক্রান্ত কার্যক্রম পরিচালনার মাধ্যমে পার্বত্য রাঙ্গামাটি ও খাগড়াছড়ি জেলাধীন ১০টি উপজেলার ৮ লক্ষাধিক উপজাতি/স্থানীয় জনসাধারণের আর্থ-সামাজিক অবস্থার উন্নয়ন, প্রোটিনের চাহিদা পূরণ ও কর্মসংস্থানের সুযোগ সৃষ্টি করছে।

বাংলাদেশ মৎস্য উন্নয়ন কর্পোরেশনের প্রধান কার্যালয় ২৩-২৪, কওরান বাজার, ঢাকা এ অবস্থিত।